Na de dood van haar moeder in 1582 haalde Lodewijk III van Bourbon-Vendôme zijn kleindochter naar Frankrijk. Lodewijk overleed echter enkele maanden na zijn dochter waarna Charlotte Flandrina door een nicht van haar moeder, Jeanne de Chabot, onder haar hoede werd genomen. Deze nicht had naar de zin van Jeanne de Bourbon, een zuster van Charlotte Flandrina's moeder die ook naar het klooster was gestuurd en abdis van Jouarre was, te calvinistische neigingen waarop zij koning Hendrik III van Frankrijk verzocht de, vanzelfsprekend katholieke, opvoeding van haar nicht op zich te mogen nemen. Charlotte Flandrina ging vervolgens over tot het rooms-katholieke geloof en trad in 1593 in een klooster. In 1605 werd zij abdis van het klooster van St. Croix waar zij in 1640 overleed.
Charlotte Flandrina was doof.
De getoonde gegevens hebben geen bronnen.