Hij is getrouwd met Maria Bot.
In een advertentie in de Nieuwe Gorinchemsche Courant van 11 oktober 1885 staat dat de rechtbank in Dordrecht op 30 september 1885 de scheiding tussen tafel en bed tussen Jan Middelkoop en Maria Bot uitspreekt. Maria vraagt om deze scheiding vanwege 'buitensporigheden, mishandelingen en grove beleedigingen' van Jan.
Zij zijn getrouwd op 24 november 1866 te Sliedrecht , hij was toen 23 jaar oud.Bron 2
BS Sliedrecht, Geboorte, 1843, 29
BS Sliedrecht, Huwelijk, 1866, 46
BS Sliedrecht, Overlijden, 1915, 130