Hij is getrouwd met Froukje Hendriks Adema.
Zij zijn getrouwd op 16 april 1836 te Wonseradeel, Súdwest-Fryslân, Friesland, Nederland, hij was toen 28 jaar oud.Bron 2
vader Johannes Klazes Werkhoven
moeder Aaltje Hylkes
vader Hendrik Ates Adema
moeder Trijntje Oenes Dijkstra
kinderen:
1. Allefriezen Wonseradeel, archief 30-42, inventarisnummer 1022, 1 juni 1836, Geboorteregister 1836, folio 64
Aangiftedatum 1 juni 1836, blad nr. 64
Johannes Werkhoven, zoon, 1 juni 1836- 8 oktober 1913 in Makkum
gehuwd 10-05-1862 aktenr 36 Wonseradeel met Leentje Westendorp 15 december 1838 Nijega, Oudega, Smallingerland - 26 maart 1931 aktenummer 48 Makkum,dv Jan Reins Westendorp en Lijsbert Anes Steigenga
beroep bg koemelker
2. Hendrik Werkhoven, 22 september 1842 Wonseradeel, archief 30-42, inventarisnummer 1028, 23 september 1842, Geboorteregister 1842, folio 113
3. levenloos kind 17-08-1845 Wonseradeel Tresoar, inventarisnummer 3012, blad 27