Priester gewijd te Roermond op 23 februari 1850, kapelaan te Echt 1850, te Wijk 1856, hoofskapelaan te Sittard 1861, pastoor te Margraten 1872, te Oirsbeek 1875 alwaar hij is overleden op 2 maart 1895. Zijn grafsteen is geplaatst achter hetaltaar van de Kerk te Oirsbeek. Zijn bedovergrootouders waren Joannes Baggen en Sybilla Paes uit Geleen. Hij stamde dus uit dezelfde familietak als de tak Baggen uit Doenrade en Amstenrade. Bij de openingsplechtigheid van de Kerk in Doenrade was Hendrik Baggen ook aanwezig. Hij was toen nog kapelaan te Sittard.
Vanaf 1875 woonde hij tijdelijk bij het echtpaar Jan Jacob Arets en Maria Hubertina Paulssen in de Dorpstraat in Doenrade. Jan Hendrik zorgde er ook voor dat het hoofdaltaar van de Kerk in Oud-geleen dat dateerde uit de laatse helft van de 18e eeuw werd gered door deze te laten verplaatse naar de kerk te Oirsbeek waar hij pastoor was.
De getoonde gegevens hebben geen bronnen.