Alexanders excessieve alcoholgebruik eiste uiteindelijk zijn tol en leidde ertoe dat hij tijdens de laatste drie jaar van zijn leven ernstig ziek was. Hij stierf uiteindelijk tijdens een militaire campagne, die hij ondanks zijn ziekte was begonnen (76 v.Chr.). Zijn vrouw Salome Alexandra volgde hem op. Alexander werd begraven in het door hem gebouwde (en naar hem genoemde) fort Alexandrium.
Over de relatie tussen Alexander en de Essenen, die eveneens zeer kritisch stonden tegenover de Hasmoneese heersers, is niet veel bekend. Veel wetenschappers zijn echter van mening dat de met de Essenen verwante gemeenschap in Qumran in deze periode gesticht is. De leden van de gemeenschap zouden zich in de woestijn hebben teruggetrokken als reactie op de in hun ogen goddeloze situatie in Jeruzalem. Als deze opvatting correct is, dan moet Alexander Janneüs geïdentificeerd worden als de Goddeloze priester die in sommige teksten van de Dode Zeerollen wordt genoemd.
Hij is getrouwd met Alexandra Salome.
Zij zijn getrouwd in het jaar 103 BC.Bron 2
Kind(eren):