Hij is getrouwd met Cornelia Ort.
Zij zijn getrouwd op 22 augustus 1885 te Soerabaja, hij was toen 30 jaar oud.Bron 2
Uit het huwelijk van Johannes Schnijder en Cornelia Ort is een levenloos kind geboren te Soerabaja op 6 mei 1886.
Johannes (Jan) Schnijder kwam uit een gezin met vijf kinderen. Zoon van Johannes (Johannis) Schnijder, overleden op 24 februari 1886, en Johanna D.J.Boonemmer, overleden op 10 juni 1867, omgekomen bij een aardbeving te Djokjakarta . Jan was de oudste, daarna een broer Frits (ambtenaar), geboren 11 december 1856 en een zus Johanna Cornelia, geboren op 16 december 1860 in Makassar en omgekomen bij een vreselijke aardbeving in Djokjakarta op 10 juni 1967 (samen met haar moeder!!), een zus Maria (apotheker), geboren 11 juli 1862 en overleden op 31 maart 1910 in Batavia.De jongste broer Pieter Antoon, leefde slechts kort, geboren 30 september 1865 en overleden op 15 december 1865. Vader Johannes (Johannis) Schnijder hertrouwde na het het overlijden van zijn echtgenote Johanna D.J.Boonemmer op 1 november 1870 met Catharina Thecia Jorritsma, uit dit huwelijk werd een zoon Stephanus August op 18 mei 1872 geboren. Stephanus trouwde met Maria Hendrica Hubertina Geurts op 20 mei 1897.
Johannes (Jan) Schnijder was sergeant toen hij op 16 juni 1874 met het ss Prinses Amalia naar Indië vertrok. Hij werd op 29 juli 1879 benoemd tot 2e luitenant der Infanterie (Besluit G.G. nr.30) en geplaatst bij het 7e bataljon. Voorts na diverse overplaatsingen werd hij op 25 juli 1891 benoemd tot adjudant van den Commandant der 1e Militaire afdeling op Java. Bevorderd tot kapitein op 13 juli 1893 met de bepaling dat hij in zijn tegenwoordige betrekking van adjudant blijft gehandhaafd (Besluit G.G. no.7). Verleend: 2 jaren verlof naar Europa.
Wegens ziekte naar Europa vertokken met het ss Alexander dd 2 mei 1894. Uit Nederland vertrokken met het ss Prins Hendrik als commandant van een detachement suppletietroepen op 17 oktober 1896. In Indië aangekomen op 24 november 1896. Geplaatst bij het 18e bataljon der Infanterie.Werd daarna diverse keren overgeplaatst Op 24 oktober 1900 bevorderd tot majoor (Besluit G.G. nr.34).Met ingang van 2 februari 1903 op verzoek wegens volbrachting diensttijd eervol en met behoud van recht op pensioen uit Hr.Ms. militaire dienst ontslagen (Besluit dd 19 december 1902 nr. 13.). Gedurende zijn militaire loopbaan heeft Johannes (Jan) Schnijder deelgenomen aan diverse krijgsverrichtingen tegen Atjeh in de jaren 1873/1900. Hiervoor werd hem de Gesp Atjeh uitgereikt.